宫，即“丈夫割其势，女子闭于宫”，就是对男性施以阉割，割除其外生殖器，有时候只割阴茎，有时候也破坏阴囊和睾丸。对男性施宫刑以后，因为伤口容易腐烂，所以通常在密不透风的“蚕室”中待百日，以保全性命。唐颜师古解释蚕室说：“凡养蚕者欲其温早成，故为蚕室，畜火以置之。而新腐刑亦有中风之患，须入密室，乃得以全，因呼为蚕室耳。”意思是人在受宫刑后，因伤口易感染中风致命，如要活命就要待在似蚕室般的密室内，在不见风与阳光的环境里蹲上百日以上，伤口才能不被感染而逐渐愈合。
女性的宫刑称为幽闭，具体方法上目前无一致说法。有说是监禁，也有说用木棍敲击女性腹部以造成子宫下垂，而消除女性生育能力的。
宫刑于何时出现已是远不可稽，一般相传在远古的夏禹以前已出现，最初是用来惩罚男女之间不正当的性关系。《尚书》中提到宫刑，为五刑中仅次于大辟(斩首)的刑罚。后来宫刑应用的范围越来越广泛，至西周时已不限于风化案件。到了战国时，孟氏之子劝秦王以仁义治国，即被秦王处以宫刑[1]。汉文帝时曾一度废除宫刑及其他肉刑，但至景帝时恢复，并规定某些死刑可以用宫刑代替。汉武帝时宫刑十分普遍，大臣往往因言得咎，而受此刑。自东汉开始，宫刑被用于处置谋反者的未成年家属，算是对他们的一种赦免。至隋文帝时，宫刑被废止于刑律之外，之后各代的刑律中亦再没有见到宫刑，直至明朝。
司马迁是受了宫刑的。所谓宫刑，即是割去男人的生殖器官。
有人说，司马迁写《史记》，由于批评了汉武帝的穷兵黩武，所以惹恼了他，但是汉武帝又不能明里阻止，所以就用除死刑外最残酷的刑罚来惩罚他，打击他的精神和意志，打击他独立进行历史评判的价值追求。这是封建帝王的惯用术，不仅阉割肉体，而且阉割精神。
作为封建帝王，汉武帝有钳制思想的动机，也有钳制思想的劣迹，但是说他因此而阉割司马迁，还是有些冤枉了他。
让我们还是回到公元前99年，来回顾一下这件事的来龙去脉吧。这一年，李陵攻打匈奴战败的消息传来，汉武帝极为郁闷，责问大臣，陈步乐无奈自杀，公卿随后都将战败的责任推到李陵身上。司马迁不以为然。司马迁不以为然，汉武帝应该是不知道的。司马迁的地位不高，他也不敢主动发言，但是这个场合他在场，在伴君如伴虎的时代里，这种情形也就是多了一份危险。
汉武帝突然点名让他说说看法，是他不以为然的表情让汉武帝有所洞察，还是仅仅一个偶然，这已经不能够被复原了。总之，汉武帝让司马迁发言，而司马迁也想发言，于是，他就慷慨陈词起来，中心意思就是替李陵辩护。这一下子，突然，皇帝就恼了，认为他是在诋毁李广利。李广利是这次讨伐的主力，而李陵不过是个协助。为什么一涉及到李广利，汉武帝就那样敏感呢?因为这涉及到他的用人路线，李广利是他的宠妃李夫人的哥哥，而他的用人路线是不允许被怀疑的。
皇帝发怒，这事就不太好办了。皇帝也没有直接就处置司马迁，而是将他交给了廷尉审理，审理的最终结果是诬上。案情并不复杂，司马迁被判死刑。但是司马迁不想死，不能死，原因我们知道，这就是他在写作《史记》，他在进行着中国文化史上的一桩伟业，因此，他想继续活下去。然而，由于得罪了皇上，活下去的想法要实现也就很难。
在当时，基本有三种途径可以免死。第一种途径，祖上有功于国家，有先皇颁发的丹书铁券，这时候拿出来，可以免死。比如萧何的子孙曾经多次犯罪，就拿出了汉高祖发给萧家的东西，得到了赦免。第二种途径，家里有钱，可以多捐，然后免死。这是汉武帝时期的特殊政策。由于对外战争消耗巨大，国家财政紧张，犯人交钱免罪成为一项增加财政收入的重要措施。第三种途径，就是接受宫刑，可以代替死罪。但是这样做，终生抬不起头来，让人觉得为了求生而自甘低贱。
司马迁的祖上没有功劳，家里也没有那么多的钱，他只有第三条道路可走，就是接受宫刑，交出一个男人最重要的东西。
当然，这也需要胆量。因为，在当时的医疗条件下，宫刑的死亡率很高。在接受宫刑之后，司马迁能不能存活下来，这个也是个未知数。但是他别无选择，除非他放弃《史记》的写作。
接受宫刑，又叫做下蚕室，也就是行刑后，要将受刑人像蚕一样的养起来，以提高受刑人存活的机率。司马迁就有幸活了下来。
对于以宫刑免死的细节，司马迁并不愿意多说。但是他在著名的《报任安书》中其实是透露了实情的。他说：“假令仆伏法受诛，若九牛亡一毛，与蝼蚁何以异?”由此，我们也就明白了他的那句非常有名的名言的语境。他说“人固有一死，死，或重于泰山，或轻于鸿毛。”他如果伏法受诛，其实就是轻于鸿毛，他不想这样去死，即便受到世人的轻贱和非议也要活着。
司马迁活下来的目的成功了，《史记》名传千古，他又夺回了自己的话语权，尽管是在许多年以后。人们都说汉武帝以宫刑这种下作的手段惩罚他，而不愿深究他当初甘受宫刑的痛苦选择。
在这一点上，汉武帝确实受了冤枉。首先，具体的处罚措施并不是他确定的，而是廷尉审理的结果。其次，判的是死刑而不是宫刑。但是，他的这点冤枉如果与司马迁的惊世奇冤相比根本就算不了什么。
围线此事的最可笑的一种看法是，汉武帝顾及历史评价，不敢处死史官，只能对司马迁进行羞辱。所谓不敢处死史官，无非是怕未来的舆论报应。
这种看法为什么可笑呢，因为在《红楼梦》中，王熙凤曾说过一句话，她说，我是从来不信阴司报应的。一个大户人家的管家奶奶都不怕的事，雄才大略的汉武帝会怕，那又怎么可能呢?
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