周佛海为蒋介石立下的功劳，蒋介石是心中有数的。但是，周佛海当年追随汪精卫出逃，蒋记忆犹新，余恨未解。蒋介石对于周佛海这样一个于己有仇有恩的复杂特殊的汪伪头目，就必须有一个跟惩处其他大汉奸不同的特殊处理办法了。周佛海的移交工作一结束，戴笠马上把他弄到重庆藏了起来。尽管与外界隔绝，但礼遇有加，不仅吃喝玩乐不成问题，还允许带副官、护士、保姆、家属；读报(包括《新华日报》在内的所有报纸)、听广播也不受限制；生了病则被送入当时西南设备最好的军统“四一”医院治疗。一年以后，也就是陈公博、褚民谊等大汉奸被公审枪决以后，审判汉奸的风潮过去得差不多了，周佛海才被送回南京，走过场式地进行了审理。
1946年11月7日，首都高等法院以周佛海“共同通谋敌国，图谋反抗本国，处死刑，褫夺公权终身”。周佛海及其妻杨淑慧不服，要求再审，最高法院于1947年1月20日作出“原判决核准”的裁定，人人皆以为周佛海必死。谁知2月23日蒋介石突然致电司法行政部：“关于汉奸犯周佛海判处死刑一案。查该犯早经自首，虽未明令允准，惟在三十四年六月十九日戴故局长笠呈请前来时，曾令其奉谕转告该犯：如于盟军在江浙沿海登陆时能响应反正，或在敌寇投降后能确保京沪杭一带秩序，不使人民涂炭，则准予戴罪立功，以观后效。……该犯似可免予一死，可否改判，即希由司法院核办可也”(据审判周佛海档案)。国民政府遂于3月27日明令改判为无期徒刑。收押在南京老虎桥监狱。这时，周佛海已身患重病，没几天活了。杨淑慧多方为他奔走求情，想保周佛海狱外就医，但没有蒋介石的首肯，谁也不敢松口。
