从目前的科学进展，用逻辑进行思考，不可能存在这样的外星人秘密档案。
有些人之所以有这样的想法，我觉得也是有情可原的。因为美国政府总是喜欢搞各种“不能公开的”秘密。有些秘密工程确实后来成为惊天动地的大事，比如二战期间的曼哈顿工程，制造成功了原子弹。但这并不意味着所有传说中的秘密都是真的，里面包藏着可能震惊世界的大事。
近年来惊动世界的斯诺登泄密事件，维基解密事件，暴露出来很多材料，仔细一看，里面并没有什么真正正的惊天秘闻。都是我们已经习以为常的那些小动作，无非是窃听啊，赃款啊，偷税漏税呀，花边新闻啊，如此而已。说起来我还真觉得美国政府的各种保密真的是没啥理由，这些破事儿大家都想得到啊。
为什么美国政府不可能隐瞒外星人的秘密呢？世界这么大，外星人不会像好莱坞电影里那样刻挑美国去着陆，外星人又不是移民或难民。实际上，对于外星文明的研究，从以往披露的资料来看，无论是哪个时代的猜想，都是以人类为基础进行的改头换面，是伪造的，没有真正的来自外星的样本。很多所谓“第三类接触” 被外星人绑架，跟外星人发生基因交流云云，大多数是看了科学家的猜想或者科幻作品之后的幻想而已。有些事刻意编造的，有些就是在做梦（很多清醒梦，我们会误以为真）。
现代天体物理学的发展，我们可以探测太阳系外的行星，从而又一次把外星文明这个话题提到了科学前沿，并且发展出了一门学科，太空生物学，或者天体生物学astrobiology。这门学科致力于探讨在各种天体上是否存在适合生命存在的条件，生命形态会是什么样子的，尤其是智慧生命需要什么样的条件。天文学告诉我们宇宙是极其广阔的，文学家之所以认为应该存在外星人，是因为宇宙实在太大，像地球这样适合生命存在的星球应该不止一个，因此也会也可能会存在许多这个智慧生命。可是同样是因为宇宙实在是太大了，恒星之间的距离，适宜生命存在的星球之间的距离，智慧生命之间的距离会非常的广阔。要想跨越这样的距离是非常不容易的。我们想要找到外星人，或者外星人想要找到我们，面临最大的障碍就是如何能够在宇宙航行中保证我们的安全与生存、繁衍后代，跨越巨大的时间和空间距离，找到对方。当然更不要说还得考虑将来如何生存的问题。
所以寻找外星生命已经从科学幻想变成了一个实实在在的科学问题。科学问题的答案存在于或远或近的将来，但肯定不是在美国某个古老基地的秘密档案里。
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