系统调查历时一年
据丹霞山管委会黄大维副主任介绍，自从1980年建立丹霞山旅行社对外开放以来，至今没有详细地进行过生物多样性调查，也没有具体的生物多样性资料。为了进一步摸清丹霞山292平方公里范围内的生物资源本底，结合申报世界自然遗产的需要，丹霞山管委会委托中山大学生命科学学院对丹霞山进行了为期一周年的生物多样性调查。
专家们发现，丹霞山相当部分区域仍保持着较原始的生态群落，为动植物的生长和繁衍提供了良好的环境。此次大规模调查共发现丹霞山昆虫1023种、鱼类100种（亚种）、哺乳动物88种、两栖纲动物21种、爬行纲动物41种、鸟类156种、植物1757种。科考人员发现，其中属国家一、二级保护的植物有19种，鱼类6种，哺乳动物14种，两栖爬行2种，鸟类15种。
云豹灵猫密林出没
据调查，生长在丹霞山的野生哺乳动物不仅种类繁多、成分复杂，还栖息着许多珍稀濒危国家一、二级重点保护哺乳动物、特有种类以及国际公约或是中国物种红色名录的保护种类。其中国家重点保护动物包括云豹、金猫、林麝、青鼬、大小灵猫、水獭、苏门羚、斑羚、穿山甲等。
其中，栖息于此的林麝近年来在全球范围内数量急剧下降，是全球性濒危物种，为此我国已于2002年特别单独将其从国家二级重点保护动物上调为国家一级重点保护动物。
特有“丹霞梧桐”扎根贫瘠山岩
专家们发现，目前已经列入《中国物种红色名录》的丹霞山受威胁珍稀濒危植物共有16种。其中，被列为极危珍稀植物的丹霞梧桐是1987年植物学家在丹霞山发现的独有梧桐树新种。当年在丹霞山发现的丹霞梧桐不到100株。丹霞梧桐一般生长在土壤瘠薄的红色砂岩石上，一般高5至8米，树形美丽，开紫色小花，树皮黑褐色，叶近圆形，花紫红色，每朵花有长条形的萼片5枚，果卵状披针形。
植物：中国特有数量仅次于武夷山
中大生命科学学院的余意等专家认为，与邻近地区相比较，丹霞山中国特有属植物的数量及所占比例仅低于武夷山，但高于黑石顶和大瑶山。丹霞山显示出南北东西相互交汇、聚集融合的特点。由于南岭山脉对北方南下寒流的阻隔及本地区的丹霞地貌的一些特点，在沟谷形成了夏干热、冬湿暖的环境，使该地区的植物比相邻地区具有更大比例的热带成分。在最为引人注目的丹霞山本地特有种的植物中，以丹霞梧桐、丹霞南烛、丹霞小花苣苔最为突出和具有代表性。
昆虫：略少于车八岭
中大生命科学学院的贾凤龙博士认为，丹霞山已知1023种昆虫，约20%为中国特有种，约80％分布于南亚或东南亚。与南岭山脉昆虫区系研究得较为详细的自然保护区相比，数量比车八岭（1220种）和大东山（1336种）略少，而多于黑石顶（988种）的已知种类。
鱼类：占北江鱼类的七成
据中大生命科学学院的常弘教授的调查，丹霞山地区分布的鱼类种数占北江水系鱼类总种数(135种）的74.1%，已经超过了三分之二。在丹霞山山区分布的100种鱼类和亚种鱼类中，经济价值较大的约占90%以上。
哺乳动物：46种列入IUCN红皮书
常弘教授调查发现，丹霞山地区有哺乳动物88种，具有典型的亚热带和热带特色，但也存在如黄鼬、貉及麝等北方型动物。这就形成了本区动物区系的特点，即南北方类型兼有。据世界自然保护联盟（IUCN）红皮书名录的数据，丹霞山地区分布的哺乳动物有46种已处于低危等级以上。
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