达尔文的进化论以及后来的新达尔文主义，从它产生以来就处于争论之中，100多年过去了，科学的发展并没有使分歧统一，相反却使它不断扩大，人们从认识的各个层面对它提出了越来越严厉的批判。关于这方面的科学论述已经有很多了，我们在这里只是大致总结一下。
美国佐治亚大学的遗传学家约翰·麦克唐约说：“在过去的20年的时间里，适应性遗传研究的结果使我们越来越陷入了一个巨大的达尔文主义的陷阱中。”
澳大利亚进化遗传学家乔治·米克洛斯对达尔文主义的用途大伤脑筋，他说：“那么，这个包容一切的进化论可以预见什么呢？提出一大堆假设，诸如随机变异或选择程度……难道这些就是伟大的进化论所讨论的问题吗？”
美国芝加哥大学生态进化系的杰丽·科恩教授说：“无奈，我们只能这样说，新达尔文主义的观点几乎没有什么依据，它的理论基础和实验依据都不足。”
1966年在费城的威斯达学院召开了一次由一些数学家和进化生物学家参加的研讨会，会议的主题就是达尔文的进化论。会上数学家们提出，从数学理论的角度出发，达尔文的进化论是根本错误的，他们说：“新达尔文进化论中有许多漏洞，我们认为，这些漏洞用目前生物学家的观点是无法弥补和解释的。”
圣多菲大学的斯图尔特·考夫曼的观点可能更加客观一些，他说：“无论创造主义科学家如何抱怨，达尔文和他的进化论与我们总有些距离。达氏的观点究竟对不对？换句话说，他的理论观点适用不适用呢？我认为它不适用，并不是达尔文本身错了，而是他只抓住了真理的一部分。”他曾写过一本书——《自然法则的起源》，他认为，生命起源、新陈代谢、发生程序、肌体横剖型线图都是达尔文理论所无法解释的。
实际上，早在1871年，即达尔文的进化论刚公布不久，乔圣治·米沃特就对达尔文的进化论提出了疑问，主要观点如下：自然选择无法对某些研究的适应性结构的初期阶段作出解释；它不符合不同种群近似的结构共存原则；有理由认为，某些特定的差异有突然发生的可能，而不一定是逐步发生的；有机形式中有众多现象是自然选择无法解释的……
也就是说，达尔文进化论中确实有回答不了的问题，这与学问的大小无关，与科学的发展也无关，而是所有的人都无法回答。那么是以后的科学家错了，还是达尔文错了呢？
进化论现在所处的位置很微妙，作为一个哲学观点，几乎任何一位教师都会给他的学生讲到，但作为科学的依据，却很少被写进教科书中。据有关方面统计，1970年美国约翰·霍普金斯大学生物物理学教授赖宁格曾写过一部生物教科书，此书曾被多次修订再版，但在全书的索引条目中，“进化”标题下的条目只有两个，看来进化的确与生物学关系不大；本书1986年再版时，索引条目增至8000多，进化仅占了22条。
有人曾对美国20多年来主要大学使用的30部生化方面教科书进行了调查，结果发现，许多教材完全忽视进化论，例如，由费城杰斐逊大学的托马斯·戴维林教授编写的一部生化教科书，曾再版三次，索引条目最多5000条，但没有一条涉及进化论；牛津出版社出版了一本北卡罗来那州立大学阿姆斯特朗写的教科书，本书也曾被再版三次，但哪一章都没有提进化论，甚至在索引中也只字未提。在美国所有生物进化类杂志中，发表的真正属于结构进化的文章不足1%，在计算机图书索引中，也没有发现历年来对这一问题研究的一本专著。
这是为什么呢？对于那些学识渊博的学者们，我们大约没有必要提醒他们：先生，您忘了什么？
问题在于进化论的本身，我们举几个例子加以说明，
进化论有一个重要的命题：大变化可以分化成长时间的一系列小变化，也就是说，复杂的人体器官是个一步步渐进形成的过程。达尔本人也曾在《物种起源》中这样道到：“如果有人能证明所有存在的器官不是由无数的、渐进的、微小的变化而来，我的理论就彻底崩溃了。”然而，正是这个结论与当代的科学实验怎么也对不上号，因为器官发生作用时，是许多条件的综合反映，离开了任何一个条件，这个器官就不能发生任何作用。
比如说眼睛。达尔文在进化论中也讨论过眼睛问题，但他没有具体论述视觉的生理机制，而是从自然界中存在低级感光器官和高级感光器官的区别中论证了自已的观点，并认为，像眼睛这样复杂的器官不可能通过一、二代进化完成，而需要许多代的缓慢变化。但后来的科学家研究发现，在这个问题上达尔文狡滑狡猾地。
首先，如果不研究视觉的生理机制，不具体研究动物特殊眼睛的感光特点，光凭借自然界存在低级感光器和高级感光器官的现实，不足以证明进化论的观点，这是一个论证上的逻辑错误。
其次，现代研究证实，像眼睛这类复杂的人体器官，它不可能通过长期的渐变累加而形成。眼睛必须在近乎完好无损的情况下才能发挥它的作用，缺少任何一种条件，甚至所有条件不能同时协调工作，眼睛也不可能发挥作用。比如说，变位紫红质因一种被称为激酶的蛋白而产生化学反应，视觉紫红质经过化学变化以后，又与一种阻导蛋白相连以防止视紫红质产生更多的传导蛋白。在这个过程中，任何一种变化都是以后变化的原因，也是以前变化的结果，缺少其中一项，我们的眼睛就什么也看不到了。因此，如果说眼睛是进化而来的，那么应该先进化哪一项呢？实际上先进化哪一项都不行，只有同时进化眼睛才会有视觉。
在其他动物世界中，复杂的系统器官同样不可能是进化累加而来的。比如说，有一种甲虫，它具有特殊的防卫系统，当受到威胁时，它会从身体后部喷射出一股滚烫的有毒溶液，这种甲虫被称为“炮手”。原来，“炮手”甲虫在一个被称为分泌囊的特殊结构中同时制造了两种高度的化学混合物，一种是氧化氢，一种是氢醌。这两种化学物质单独存在时没有热量，一旦混合在一起，这会产生大量热能，其温度可以达到沸点，同时也有毒。甲虫一遇到危险，两种化学物质就会迅速混合在一起，并靠收缩肌肉使之喷射。问题是，这个甲虫在进化的过程中必须同时进化以下东西：氧化氢和氢醌、由分胚腺产生的摧化酶、储囊、括约肌、膨胀器、外排导管。如果“炮手”甲虫的防御系统是进化而来的，同样的问题：首先应该进化什么呢？
再比如说，我们在生活当中经常会割破手指，如果伤口很小，即使不处理，血流一小就会自动停止。原来是血凝块在起作用。现代的研究表明，血凝块是由20几种相互依赖的蛋白组成，在这个系统中，一个部件激活第二个部件，第二个部件激活第三个部件，以此类推，因此人们把这个相互关联的过程称之为串连蛋白质链。比如说，一种叫做斯图亚特因子的蛋白质将凝血酶原切割，把它变成活跃的凝血酶，凝血酶就可以把纤维蛋白原切割成纤维蛋白朊并形成血凝块。为了保证凝血酶不乱起作用，这就需要斯图亚特因子以一种惰性状态存在，一旦需要它，才会被另一种叫做催速素的蛋白质激活。而为了确保在准确位置、准确时间形成血凝块，这就需要一种C蛋白质使凝结区域化……可以说血凝块的形成、限定、强化以及消除是一个不可分割的生物系统，具有“不可降低的复杂性”特点，某些单个部件出了问题都会引起整个系统的失败。而要形成这个系统，也必须是同时产生，否则许多动物会因失血过多而死亡。
不管达尔文的进化论有多么伟大，但他确实解释不了分子层次的生物现象，按照达尔文的解释，任何生物的出现都是小部件叠加的结果，而生物分子科学的研究却彻底毁灭了达尔文的幻想。