林芝地区以高原温带湿润季风气候为主，属热带、亚热带、温带及寒带并存的复合气候带，年降水量600-2200毫米，年日照2000小时以上，无霜期180天左右。全地区平均海拔3100米，是青藏高原海拔最低、含氧量最高的地区。受印度洋、太平洋暖湿气流的影响，林芝具有夏无酷暑，冬无严寒，是西藏最佳的旅游目的地。
林芝地区平均海拔3100米，所有山脉都呈东西走向，北高南低，海拔高低悬殊。雅鲁藏布江这条世界最高的河流，在奔腾1000多公里后，从朗县进入林芝地区，在米林县迎面遇上喜马拉雅山阻挡，被迫折流北上，绕南迦巴瓦峰作奇特的马蹄形回转，在墨脱县境内向南奔泻而下，经印度注入印度洋。
林芝年降雨量650毫米左右，年均温度8.7℃，年均日照2022.2小时，无霜期180天。因此，土地肥沃、资源丰富。放眼林芝这块雪山环绕之地，到处是绿色的世界。
林芝冬季平均温度在摄氏零度以上，夏季平均温度为摄氏20度，四季分布较为明显，成为“夏无酷暑，冬无严寒”好地方。但是一到每年5～9月的雨季，大量的降雨将引发山体滑坡及泥石流、塌方等自然灾害，对于在藏东南山谷之间穿行的公路交通造成极大的威胁，因此雨季并不是前往本地区旅行的好季节，尤其是雨季沿川藏线旅行更不是一个好的选择。