圣托里尼岛其后，腓尼基人和多立安人分别前来统治这个岛屿。位于海平面上396米的希腊城市锡拉是在公元前9世纪由多立安殖民者建立的，根据传说，他们的首领为锡拉斯（Θ?ραν）。他们在此一直居住到拜占庭时期。根据希罗多德（4.149-165），锡拉人在七年干旱之后派出不少殖民者在北非建立了许多城市，包括昔兰尼。就像其他希腊领土一样，圣托里尼后来为罗马人、拜占庭人以及法兰克人。1579年岛屿的控制权落入奥斯曼人之手。
现代1912年圣托里尼岛划归希腊管辖。圣托里尼岛上主要的居民点包括阿克罗蒂里、费拉（Φηρ?）、奥伊亚（Ο?α）、安坡里奥（Εμπορε?ο）、卡马里（Καμ?ρι）、伊莫洛维里（Ημεροβ?γλι）、皮尔戈斯（Π?ργο?）和锡拉希亚（Θηρασ?α）。阿克罗蒂里的米诺斯文明遗迹是一个可供旅客参观的大型考古发掘场。
圣托里尼岛上没有溪流，因此水源短缺。直到九十年代，岛上居民用水主要靠收集降到房顶和天井的雨水、小泉水甚至从其他地方进口。如今島上装备了一个海水淡化厂，向居民和游客提供日常用水。岛上的主要经济是旅游业，为了保护破火山口，岛上的浮石场已经于1986年关闭。
圣托里尼还拥有一个小型的葡萄酒工业，依靠当地特有的葡萄品种“阿西尔提可”（Ασ?ρτικο）而小有名气。阿西尔提可葡萄枝都极为古老，因为它们对葡萄根瘤蚜免疫，从而在20世纪早期该病大流行的时候免于被移除。根据它们的习性，植株之间的间隔很大，靠露水润湿，它们被植成篮子状，将葡萄悬于内部以保护它们不受风害。当地还特产红润甘美但级烈的圣桑托酒（Βινσ?ντο）。
1704年一个海底火山破水而出，逐渐形成了现在的新卡梅尼岛，火山活动的中心。二十世纪发生了三次喷发，最近的一次是1950年；1956年圣托里尼又经受了一次破坏性的地震。在未来的某个时刻，它终将重施淫威。