由于海水太深，环境复杂，水下勘察的科学家无法断定该金字塔与大西洋底的其他古建筑物是否系同一时代的产物。
这两座海底金字塔都比大金字塔还要高大，且年代久远。在金字塔的四周是平坦的海底，没有火山喷发过的痕迹，也没有海底山脉从中横过。于是有学者猜测，这两座海底金字塔可能是原本建造在陆地上的，后来因发生强烈地震，随着陆地沉入海底了。
有些学者猜测，这些海底金字塔可能就是长期生活在海底的亚特兰蒂斯人建造的，很可能是他们的一个供应库。美国探险家德奥勃诺维克曾经拍摄到一张满是旋涡状白光影像的照片，于是有学者怀疑，海底金字塔可能是亚特兰蒂斯人专门保护圣地的一种能量场，它和大金塔一样，能吸收和聚集宇宙射线、磁性振荡或其他未知能量波，其内部结构是一个微波谐振腔体，对放射性物质及其他能源有聚集的作用。
2012年3月29日，一个由多国科学家共同组成的调查组，对这两座海底金字塔重新进行了秘密调查。声呐和水中摄像机显示，这两个金字塔都是由玻璃甚至水晶类物质构成的。其表面相当光滑，没有裂缝或不完整的地方，就连海藻、海草、贝壳等附着物也没有。
关于这个问题，不久前在美国佛罗里达召开的非公开会议上也进行过讨论，但结论并未向外公开。但是，参加会议的海洋学家瓦拉格·迈耶博士，在巴哈马群岛召开的记者招待会上说：“虽然我们很清楚两个海底金字塔具体的经纬度，但我只能告诉你们，是在百慕大三角的中央附近。”
另外，根据瓦拉格·迈耶博士的报告，在“玻璃”金字塔的上部开着两个大洞，海水以高速从一个涌向另一个，从而在金字塔周边造成巨大的旋涡。其产生的倒卷波涌上海面，从而形成猛烈的波浪和水雾。
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