从原虫钻入脑，到出现脑膜脑炎的症状(即潜伏期)仅需要5~8天。感染者最初的症状是头痛、呕吐、咽痛、流鼻涕，由于原虫是从嗅神经钻入脑里的，所以嗅觉和味觉异常多是不被人注意到的早期症状。发病2~3天后，头痛、呕吐加重，并出现高热，体温可高达39℃~40℃。有些病人还会出现运动失调、定向力障碍、复视、行为和性格改变或精神错乱。疾病继续发展，病人发生抽搐，最终进入昏迷和呼吸衰竭。最可怕的是绝大多数病人一旦患病生存的希望十分渺茫，大多数在1周内死亡。从1965年到现在，已有大约200~300例病例被报
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