直至蒙古铁骑横扫中原、南宋小王朝仓皇南逃，南澳之名才依稀可辨。今天，闽粤沿海一带还流传着一些传说，比如福建东山岛，有“沉东京、浮大帽山”之说;粤东海陆丰地区有“沉东京、浮莲花山”之说;南澳岛则有“沉东京、浮南澳(岛)”之说。“从东南沿海地区不约而同的传说中，可以推断，这很可能是南宋王朝南逃时，一路留下的暗语”，南澳岛一研究人员分析：“‘浮’在古语中，有‘经过’之意。”
事实上，南宋恭宗德祐二年(1276年)临安失陷后，益王在逃亡途中重新被大臣拥立为帝。是年11月，帝舟离福州，南航入潮(汕)，即驻扎在南澳岛前村。为解决几十万南宋军马的饮水问题，漂泊流离的宋王室决定在南澳沙滩上凿井三口，分别取名“龙井”、“虎井”和“马井”。
如今，“龙井”、“虎井”已无迹可寻，唯有“马井”仍清水盈底，常年甘澈。今年60岁的海岛居民林仕坚记得，“文革”后期，一次台风过后，“虎井”突然现出海面，一时岛人惊喜无比，奔走相告。还是个孩子的他自己则赤脚走了10多里地，赶去海边围观。此后“虎井”又一夜间尽淹于海涛，再未现身。
明万历二年(1574年)，饶平东里人陈天资(赐进士)修撰《东里志》，据其记载：淳熙七年(1180年)，杨万里为广东提点刑狱，海寇犯南澳，万里命诸郡兵讨平。这也是迄今为止，“南澳”作为地名第一次出现在正式史书中。
海盗云集
明朝初年，为防范盘踞海岛的方国珍、张士诚残部与海盗倭寇侵扰，明太祖朱元璋颁布律令，一方面加强海防，一方 面 取消海外贸易，要求“片板不准下海，点货不准贡蕃”。而此时，欧洲地理大发现蓬勃兴起，席卷全世界的海上贸易浪潮正越过印度洋，向东汹涌而来。
由于海上贸易利润丰厚，闽粤沿海民众一直趋之若鹜。广东省社科院历史所所长、研究员李庆新说，即使是朝廷允许的朝贡贸易，贡使也能从中赚到巨额差价，如100斤胡椒在苏门答腊值银1两，运到明朝便给价20两;日本刀在本国价值800-1000文，明朝则给价5000文。“更不用说朝贡贸易之外的民间走私贸易，获利更丰”。
据记载，当时潮州富家大贾往往公然修造大船，遍历诸部，扬帆而去，数月后满载而归，金宝溢于衢路，周边百姓往往见之目夺心骇，都以为“富拟王公，可一苇杭之而得”，于是不顾官令，纷纷驾船出海行商。
地处闽粤交界处的南澳岛，良港众多，又基本属于“两不管”之地，虽然朝廷海禁政策严厉，它却俨然成为海盗云集、贸易昌盛的化外之地。(南方都市报www.nddaily.com 南都网)
不难想象，当年一艘艘满载货物的商船，清晨雾气未散，就早早从广阔的珠三角腹地出发，一路扬帆顺韩江而下，直达汕头樟林、柘林、南澳、莱芜一带，候风出海。天气晴好时，南澳附近海面舟楫穿梭繁忙——— 毕竟这里是它们向更远海域起航前必经的重要补给地。
明洪武24年(1391年)，朝廷因居民顽梗，尽发各澳居民到海门千户所充军;两年后，针对少量重回南澳耕种的居民，大将汤和再次将其全迁回内地，以墟其地。然而，偷渡到南澳岛的人依旧络绎不绝，到永乐年间，朝廷不得不三迁其岛，并多次派兵海上，荡寇扫倭。
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